II. Unix 基本コマンドの超入門
1. スパコンにログインしましょう
tophat と打ってみましょう。
$ tophat
-bash: tophat: コマンドが見つかりませんこうなった方、そこはまだログインノードです。そこで仕事をすると入り口が混み合ってみんなに迷惑かけます。qlogin を忘れてますよね？ ⇒ qlogin してください。
$ qlogin
Your job 36547275 ("QLOGIN") has been submitted
waiting for interactive job to be scheduled ...
Your interactive job 36547275 has been successfully scheduled.
Establishing /home/geadmin/UGER/utilbin/lx-amd64/qlogin_wrapper session to host t261i ...
Last login: Fri Jul 8 18:50:36 2016 from t351i表示される数字などは異なると思いますが、qlogin するとざっとこのような表示が出ます。
2. 基本コマンドの練習をしましょう
リダイレクト。ディレクトリ表示
- > : プログラムから書き込み
- < : プログラムへ書き込み
- | : プログラムからプログラムに出力を渡す
- . : 自分がいるディレクトリを示す
- .. : 自分がいる一つ上の階層のディレクトリを示す
- ~ : 自分のホームディレクトリを示す
ディレクトリ表示（一番使うコマンド）
- ls : (LiSt) ファイル名をリストする
ファイル閲覧関係
- cat : (CATenate) ファイルの連結・表示
- head : ファイルの先頭を表示
- less : ファイルをページ単位で表示 [スペースでページ送り、Bでページ戻り、Q で終了]
$ ls
ddbj_database training.tar lcl
$ ls -l # -l オプションをつけると表示される情報が変わる
合計 74744
drwxr-xr-x 3 tafujisa yn-nig 4096 12月 27 11:48 2012 ddbj_database
-rw-r--r-- 1 yanakamu yn-nig 76523520 12月 15 17:48 2016 training.tar
drwxr-xr-x 11 yanakamu yn-nig 4096 12月 15 13:35 2016 lcl
$ ls -a # -a オプションをつけると不可視ファイル (. で始まるファイル、ディレクトリが見える）
. .bash_profile .emacs.d .login .pyenv .viminfo
.. .bashrc .gem .matplotlib .rbenv .zprofile
.RepeatMaskerCache .cache .gnome2 .mc .screenrc .zshrc
.Xauthority .ddbjing34 .gnuplot_history .mozilla .ssh ddbj_database
.aspera .ddbjing34_deleteme .history .mysql_history .subversion training.tar
.bash_history .emacs .lesshst .pki .tcshrc lcl
ls の出力からファイルをつくってみます。cat で閲覧します。
$ ls > test # ls の出力をファイル test をつくって流し込む
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test
$ cat test # ファイル test の中身を表示する（画面上と違い、一行一ファイルになります）
ddbj_database
training.tar
lcl
testファイル＆ディレクトリ（フォルダ）操作関係
- cp : (CoPy) ファイルのコピー
- mv : (MoVe) ファイルの移動、名称変更
- rm : (ReMove) ファイルの削除
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test
$ cp test test2 # ファイル test を test2 にコピーする
$ cat test2 # test2 を表示する
ddbj_database
training.tar
lcl
test
$ cat test test2 > test3 # test と test2 の中身を合わせて test3に書き出す
$ cat test3 # test3 を表示する
ddbj_database
training.tar
lcl
test
ddbj_database
training.tar
lcl
test
$ mv test3 test4 # test3 を test4 に名称変更する
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test test2 test4
$ rm test4 # test4 を消す。黙って消えるので注意
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test test2ディレクトリ移動、作成関係
- mkdir / rmdir : (Make Directory / ReMove Directory) ディレクトリの作成・削除
- pwd : (Print Working Directory) 今いる場所を表示する
- cd : (Change Directory) いる場所を変更する
$ mkdir testdir # testdir というディレクトリ（フォルダ）を作る
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test test2 testdir
$ cd testdir # testdir に入る
$ pwd # 今いるディレクトリを表示する（yanakamu の部分はあなたのユーザ名になります）
/home/yanakamu/testdir
$ ls
$ mv ../test ./ # 一つ下のディレクトリ (..) から test ファイルをここ (.) に移動する
$ ls
test
$ cd .. # 一つ下のディレクトリに移動する
$ pwd # 今いるディレクトリを表示する（yanakamu の部分はあなたのユーザ名になります）
/home/yanakamu
$ ls # test が testdir に移動したのでここからは消えている
ddbj_database training.tar lcl test2 testdir
$ rmdir testdir # testdir を消そうとするが、空ではないので消えない
rmdir: failed to remove `testdir': ディレクトリは空ではありません
$ rm testdir/test # testdir の中の test ファイルを消す。黙って消える
$ ls testdir # testdir の中を表示する、空になっている
$ rmdir testdir # 今度は testdir を消すことができる
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test2アーカイブ関係
- tar : (Tape ARchive) アーカイブの操作（ファイルの取りまとめ）
- zip / unzip : ファイル圧縮・展開
- gzip / gunzip : GNU ファイル圧縮・展開
$ cp test2 test3
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test2 test3
$ tar -cf test.tar test2 test3 # test.tar という名前で test2 と test3 を束ねる
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test.tar test2 test3
$ tar -tf test.tar
test2
test3
$ rm test2 test3 # test2 test3 を消しちゃう
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test.tar
$ ls -l
合計 74756
drwxr-xr-x 3 tafujisa yn-nig 4096 12月 27 11:48 2012 ddbj_database
-rw-r--r-- 1 yanakamu yn-nig 76523520 12月 15 17:48 2016 training.tar
drwxr-xr-x 11 yanakamu yn-nig 4096 12月 15 13:35 2016 lcl
-rw-r--r-- 1 yanakamu yn-nig 10240 12月 16 13:48 2016 test.tar
$ gzip test.tar # test.tar を圧縮する
$ ls -l
合計 74744
drwxr-xr-x 3 tafujisa yn-nig 4096 12月 27 11:48 2012 ddbj_database
-rw-r--r-- 1 yanakamu yn-nig 76523520 12月 15 17:48 2016 training.tar
drwxr-xr-x 11 yanakamu yn-nig 4096 12月 15 13:35 2016 lcl
-rw-r--r-- 1 yanakamu yn-nig 192 12月 16 13:48 2016 test.tar.gz
$ gunzip test.tar.gz
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test.tar
$ tar -xf test.tar # test.tar の中身 (test2, test3 を取り出す）
$ ls
ddbj_database training.tar lcl test.tar test2 test3
$ cat test2 test3
ddbj_database
training.tar
lcl
test
ddbj_database
training.tar
lcl
test
$ rm test.tar test2 test3 # 今作業したファイルをカタ付ける
$ ls
ddbj_database training.tar lcl # 最初からあったファイルだけが表示されたら ok です