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[数年前の情報でとまってます。改訂情報求む！]

初心者が「バイオインフォマティクスを使う」ために、 何を知り、どのようにセットアップし、どう考えれば良いのか、 その道筋のすべてを記した行き届いた入門書です。プロトコルの体裁をもつ第２章では、計算機環境のセットアップから BioPerl 入門までが紹介されており、初心者が自力で始めることができるように書かれています。これまで web の form への copy and paste で済ませて来た処理を、手元の計算機で行い大規模化、効率化することを考えている人に勧めます。

「バイオインフォマティクスも制限酵素や PCR などの分子生物学におけるバイオテクノロジーの手法の１つに過ぎない (中略) それらのテクニックと同じように生物系のラボで普及して使われ、 役に立っていけばそれでよいと考えている (P151)」 この一文は、私の講義でおそらく繰り返し説明することになる、 私の生命情報処理に対する態度を完璧な形で代弁してくれています。

お薦めの「教科書」です。ちょっと値は張りますが、これだけ内容があればね。 配列情報を使い倒そうとする人には、是非全編を通読することをお薦めします。 たいへん平易かつ懇切に書かれており図も多用されているので、 この分野に興味を持つ人なら楽しく読み進めることができるはずです。 これまで場当たり的に使って来たツールについて、個々の原理が頭のなかでしかるべく整理整頓されるという知的快感がきっと得られることでしょう。

「D.W.Mount著の日本語版｢バイオインフォマティクス｣（MEDSI 2002年）を補完する位置付けにある」と出版社サイトで紹介されているとおり。入門用テキストとしておすすめ。教科書の章末の問題なんてものは大抵退屈でやる気のおこらないモノだが、本書の練習問題は楽しくまた実践的なコトに感心。

「アルゴリズム」を知りたい向きはこちらを。私の講義では登場しない pseudocode を存分に眺めつつ理解を深めることができますよ。

  • 「ゲノム３」監訳／村松　正實 メディカルサイエンスインターナショナル ISBN978-4-89592-495-5 9975円

ゲノム生物学についてはコレでしょう。平易な解説でゲノムな生物学の全体像が見える。オールカラーの図がすばらしい。

「なんの。俺は copy and paste なバイオインフォマティクスを究めるぜ！」そんな君、そのアプローチは決して間違いではありません。それで行けるのであれば、なにも解析サーバを自分でつくる必要はないのです インターネット上には多くの使えるリソースが公開されてます。以上の3冊は、代表的なウェブ上のリソースに関する基礎的知識と、それらを使う「コツ」を、多くのスクリーンショットを含めたプロトコル形式で実践的に紹介しています。

「懇切丁寧に書かれた入門書で、プログラミング初心者にもおすすめ」とのことです (タカラバイオの大浦さんによる)。良い入門書があっていまのワカモノは幸せというものです。中村が Perl を使いはじめた頃にはこうした結構な書籍がなく、唯一存在したラクダ本を片手に試行錯誤の日々でした (まぁそれも楽しかったんだけどさ)。

UNIX をベースとした MacOSX は、文房具と解析用ワークステーションの機能を兼ね備えたシステムであり、その両方を別々に揃える面倒がないので実験生物学者に理想的なバイオインフォマティクス解析環境です。この本では、そのメリットを最大限に生かすために、どのような活用ができるのかを多数の実例により紹介しました。

2004年に教育用端末として1000台を越えるMacOSX機を導入するとゆー英断により、多くの無知な似非計算機通からの非難を浴びた東京大学教育用計算機システム(ECCS)。その端末利用のための入門書という位置づけなのだが、それにとどまらず、実は一般的なMacOSXのUNIX的な利用教則本として、コンパクトながらきわめて優れた書籍。平易な解説に上質のユーモアを含み、人としてより良く生きるためのヒントまであたえてくれる驚異の一冊。なのだが、きわめて残念なことに東大生協以外では入手できない。
2004年夏学期の「ゲノムアノテーション」を受講してくれた藤野君、元気ですか (私信)。

やさしく、たのしくUnixの基礎の基礎が学べる本。この本片手に、MacOSXのターミナルを開いてごにょごにょやってみましょう。Unix的なものの考え方やコマンド操作の基本的な流儀を一旦把握しておけば、いろいろな応用が効きます。

講義で紹介する「R」のおすすめ解説書。事例が豊富で、かつ初心者への配慮もいきとどいている。おすすめ。

私に限らず、講師に質問のメイルを出す学生さんは、まずこれを読みましょう。とは言え、恐がることはありません。礼儀正しいメイルには返答いたします (時間がかかるかもしれませんが)。

ゲノム情報を自力で活用したい実験生物学者を対象に、解析方法その他の情報や意見の交換を目的とした研究会です。メイリングリストと年１～２回の会合をやっています

bioinformatics に関する、日本語による情報交換メーリングリスト。800 1000名を越える会員を擁しています

門川さんの研究留学ネット http://www.kenkyuu.net/ より、日本の書籍購入ガイド＞バイオインフォマティクス関連書籍でたどれます。その他にも、日本の書籍購入ガイドの階層のバイオ実験関連書籍や科学英語関連書籍なども非常に参考になります。