yn/OtherWorks

2018年

Genome Sequence Update of a Rubber tree Hevea Brasiliensis
PAGXXVI
2018/01/13〜2018/01/17(ポスター発表・San Diego, US)

2017年

MarpolDB – marchantia.info; a genome DB for the Liverwort
ゼニゴケ国際シンポジウム
2017/12/16〜2017/12/18(岡崎コンファレンスセンター)

MicrobeDB.jp
日本分子生物学会年会 NBDC ConBioフォーラム「⽣命科学のデータベース活⽤法」
2017/12/06〜2017/12/09(講演・神戸)

DDBJ and the INSDC
ICG-12
2017/10/26〜2017/10/29
The China National GeneBank (CNGB), Shenzhen, China.

「DDBJ入門(仮)」
DDBJing 講習会
2017/10/19〜2017/10/20(招待講演・沖縄高専)

DDBJ and the INSDC
The Big Data Forum for Life and Health Sciences
2017/10/10〜2017/10/13(招待講演・Beijing, China)

「DDBJ」
トーゴーの日シンポジウム
2017/10/5-6(ポスター発表・東京)

「ゲノム科学・ゲノムDBの現場から」
静岡大学理学部創造理学コース
2017/9/14(講義・遺伝研)

DDBJ
GGBN Asian regional workshop
2017/07/19〜2017/07/23(招待講演・Shenzhen China)

「NBRPゲノム情報等整備プログラムの状況“CyanoBase”」
NBRP藻類・運営会議
2017/7/4(話題提供・東京)

How to make bio-DB’s and services sustainable?
日中韓バイオインフォマティクスシンポジウム
2017/6/20-23(招待講演・ソウル)

「ゲノム情報学への招待」
山梨県立日川高等学校「科学技術講演会」
2017/6/15(招待講演・山梨)

「遺伝研DDBJ・スーパーコンピュータのご紹介」
バイオインフォマティクス講習会・日本植物生理学会年会
2017/03/16〜2017/03/18(招待講演・鹿児島大)

Towards better genome annotation
Symposium on Genome Evolution (GEM)
2017/03/27〜2017/03/29(招待講演・遺伝研)

2016年

「ゲノム科学・ゲノムDBの現場から」
静岡大学大学院・統合オミックス特論II
2016/11/16(講義・遺伝研)

Genome Sequence of a Rubber tree Hevea Brasiliensis
国際ゴム技術会議(IRC2016)
2016/10/26〜2016/10/28(ポスター発表・北九州)

CyanoBase – 20 years of a genome database
Genome Informatics 2016
2016/09/19〜2016/09/22(ポスター発表・Hinxton, UK)

「Approaches and challenges in genome annotation」
日中韓バイオインフォマティクスシンポジウム
2016/08/19〜2016/08/21(招待講演・中国福建省)

「ゲノム情報科学への招待」
山梨県立日川高等学校「科学技術講演会」
2016/07/21 1:35pm 〜3:05pm(招待講演・山梨)

Development of DNA markers to discriminate genome types in a rubber tree Hevea brasiliensis
PAG Asia 2016
予定日: 2016/06/05〜2016/06/08
(ポスター発表・Singapore)

「CyanoBase; Status 2016」
The 12th Cyanobacterial Workshop, Tempe AZ
May 19-22, 2016(ポスター発表、米国)

国際人類遺伝学会 (ICHG2016)
2016/04/05〜2016/04/07(セッションオーガナイザー・京都国際会館)

2015年

「バイオインフォマティクス講習会Ⅲ(2015)」
第33回日本植物細胞分子生物学会(東京)大会・シンポジウム
http://www.knt.co.jp/ec/2015/jspcmb33/symposium.html
2015年8月12日(オーガナイザー・東京大学農学部)

「Towards better genome annotation」
The 13th JCK Bioinformatics Symposium
http://cjk-bioinfo.org/2015/
2015年8月11日(OIST Sea Side House, Okinawa, Japan) oral presentation, invited

「データベース検索(キーワード・配列類似検索・マルチプルアラインメント)」
第32回 DDBJing 講習会 in 那覇植物防疫事務所
2015年7月29日(講習, 沖縄)

「NGS の配列解析とデータベースへの案内」
東京農業大学生物資源ゲノム解析センター 2015年度セミナー(文部科学省「私立大学戦略的研究基盤形成支援事業」)
http://www.nodai-genome.org/seminar_2015.html
2015年7月27日(招待講演・東京農業大学世田谷キャンパス)

「CyanoBase 愛されて20年。ところで今後もご入り用ですか?」
平成27年度 ラン藻ゲノム交流会‎
https://sites.google.com/site/cyanogenomemixer/home
2015年7月25日(講演, 東京大学駒場キャンパス)

「DDBJ のデータベースと検索・解析」
初めての All-in-one 合同講習会〜生命科学DB・ツールの使い方~
https://www.ddbj.nig.ac.jp/all-in-one.html
2015年7月18日(講習, 大阪大学中之島センター)

「バイオインフォマティクス」演習
東京工業大学 大学院 生命科学研究科講義
2015年7月16, 23日(講義分担, 横浜)

「Genome Sequence of a Rubber tree Hevea Brasiliensis: Status 2015」
Plant and Animal Genome Asia 2015
http://intlpagasia.org/2015/
2015年7月12-15日(ポスター発表, シンガポール)

「バイオインフォマティクスへの招待」
日川高等学校SSH「科学技術講演会」
2015年6月18日(招待講演, 山梨)

「DDBJ とNIG SuperComputer の使い方」
第31回 DDBJing 講習会
2015年6月12日(講習, 東京)

「DDBJ とNIG Super Computer による大量配列情報解析」
がんとハイポキシア研究会「データベースとハイポキシア研究」(遺伝研共同研究研究会)
http://www.cancer-hypoxia.org/13th_conference.htm
2015年6月5日(講演,三島)

「DDBJと新型シーケンサ解析パイプラインの使い方」
統合データベース講習会:AJACS府中
2015年3月5日(講習, 農工大・東京)

「DDBJと新型シーケンサ解析パイプラインの使い方」
新学術ゲノム支援・情報解析講習会
2015年2月28日-3月1日(東工大黒川氏と共同主催・講習, 三島)

「難治性疾患データベースの構築に向けて」
厚生労働科学研究委託費「ゲノム不安定性を示す難治性遺伝性疾患群の症例収集とゲノム・分子機能解析による病態解明」班会議
2015年1月30日(報告, 長崎)

2014年

「DDBJ とNIG SuperComputer の紹介、大量配列情報解析」
第30回 DDBJing 講習会
2014年12月18日(講習, 東京)

「Marchantia genome database」
Marchantia Workshop 2014
2014年12月7日(神戸大学)oral presentation

「INSDC・DDBJ の MIxS に関するとりくみと活用」
種生物学会・シンポジウム
2014年12月7日(講演, 富士吉田)

「DDBJ」
トーゴーの日シンポジウム2014
2014年10月5日(ポスター発表, 東京)

「ソーシャルゲノムアノテーション」
日本遺伝学会年会・シンポジウム「大量データ時代の新しいゲノム遺伝学」
2014年9月19日(招待講演, 長浜)

Genome Sequence of a Rubber tree Hevea Brasiliensis.
Yasukazu Nakamura, Hideki Nagasaki, Yasuhiro Tanizawa, Keigo Inami, Teppei Mori and Norie Watanabe.
産総研+インドネシアBPPT合同シンポジウム
2014年9月11日(夕張)oral presentation

「ハードウェア、OS、ネットワーク入門(うろおぼえ)」
バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)速習コース
2014年9月1日(講習, 東京)

中村保一, 望月孝子
「国立遺伝学研究所スーパーコンピューターの概要と利用法」
植物細胞分子生物学会年会 バイオインフォマティクス講習会II
2014年8月21-22日(講習,盛岡)

「バイオインフォマティクス」演習
東京工業大学 大学院 生命科学研究科講義
2014年7月17, 24日(講義分担, 横浜)

「ソーシャルゲノムアノテーション」
東京大学大学院農学生命科学研究科 附属水産実験所 大学院特別講義
2014年1月22日(講義, 浜松)

Genome Sequence of a Rubber tree Hevea Brasiliensis.
Yasukazu Nakamura, Hideki Nagasaki, Yasuhiro Tanizawa, Keigo Inami, Teppei Mori and Norie Watanabe.
Plant and Animal Genome XXII
January 11-15, 2014 (San Diego, USA)poster presentation

2013年

「データベースを使い倒した新しい研究スタイルによる分子生物学」
第36回日本分子生物学会年会 ワークショップ 4AW2
2013年12月6日(DBCLS坊農氏と共同主催, 神戸)

「DDBJ スパコン概要」
ゲノム支援 平成25年度情報解析講習会
2013年11月26日(講習, 三島)

「DDBJとNIG SuperComputer, NGS 大量配列情報解析」
第28回 DDBJing 講習会
2013年11月19日(講習, 新潟)

「DDBJ」
トーゴーの日シンポジウム2013
2013年10月4-5日(ポスター発表, 東京)

TogoAnnotation / CyanoBase: Social genome curation for microbial reference genome annotation improvement.
CSH Asia meeting: Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology
September 25, 2013 (蘇州, 中国)oral presentation

「パラゴムノキ Hevea brasiliensis ゲノム塩基配列解析」
第31回日本植物細胞分子生物学会大会
2013年9月11日(口頭発表, 札幌)

「ソーシャルゲノムアノテーション」
明治大学科学技術研究所シンポジウム「大規模オミックス情報解析がもたらす生命科学の新たな展開」
2013年9月2日(招待講演, 川崎)

「DDBJと新型シーケンサ解析パイプラインの使い方」
統合データベース講習会:AJACS富山
2013年8月30日(講習, 富山)

「配列データのDDBJ/DRA/JGA登録方法」
新学術ゲノム支援拡大全体会議
2013年8月29日(講演, 神戸)

「バイオインフォマティクス」演習
東京工業大学 大学院 生命科学研究科講義
2013年7月11, 18日(講義分担, 横浜)

Introduction of DNA Data Bank of Japan activities.
日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース
2013年6月17日(招待講演, 中国蘇州)

Cyanobase: an integrated database for cyanobacterial genomes.
ESF conference on Molecular Bioenergetics of Cyanobacteria
2013年4月17日(招待講演, Pultusk, Poland)

「大規模データ解析技術開発と塩基配列データアーカイブの橋渡しとこれから」
ROIS若手研究者研究集会
2013年2月15日(DBCLS坊農氏と共同主催, 三島)

「国内の主要なDBの使い方(DDBJ, PDBj, KEGG)」
統合データベース講習会:AJACS駿河
2013年1月13日(講習, 静岡)

2012年

「大量シーケンス時代のデータアーカイブ」
ゲノム微生物学会ニュースレター 第7号 pp.3-6.
2012年11月30日発行(寄稿)

「データベースから始まる分子生物学~研究の新しいスタイルを模索する~」
第35回日本分子生物学会年会 ワークショップ 3W2III
2012年12月13日(DBCLS坊農氏と共同主催, 福岡)

Developing a next-gen information system for next-gen sequence data.
Workshop: Genomics, Proteomics, and Bioinformatics with the Asian Perspective(日中韓共同セミナー)
2012年12月11日(招待講演, 三島)

Community annotation system TogoAnnotation and a Kit-2 assembly trial.
International Marchantia Workshop 2012
2012年11月16日(講演, 熊本)

「たくさんのゲノム情報をみんなで共有するために」
遺伝研公開講演会+大学院説明会2012
2012年11月3日(講演, 東京)

「(メタ)ゲノム情報を基盤とした微生物DB・植物DBの統合」
生命医薬情報学連合大会 JSBiセッション「データベースと情報統合」
2012年10月15日(招待講演, 東京)

「日本DNAデータバンク (DDBJ)」
トーゴーの日シンポジウム2012
2012年10月5日(ポスター発表, 東京)

「バイオインフォマティクス」演習
東京工業大学 大学院 生命科学研究科講義
2012年7月19, 26日(講義分担, 横浜)

「DNA Data Bank of Japan: trad and new databases」
Information Sources in Biotechnology: Key Databases for Patenting Biotechnology.
A seminar organized by The European Bioinformatics Institute and FCO Science and Innovation Network
July 24, 2012 (招待講演, 英国大使館・東京)

「余興プレゼン(DDBJ, NGS, TogoAnnotation, CyanoBase ナドナド) 」
ラン藻ゲノム交流会 2012
2012年7月14日(飛び入り講演, 東京)

「新型シーケンサによる生物学へのビッグデータ解析時代の到来」
岡山大学資源植物科学研究所 大麦・野生植物資源研究センター
2012年7月6日(招待講演, 倉敷)

「NGS由来大量データレポジトリDRAと解析支援パイプラインの提供」
シンポジウム「データ駆動型生命情報科学の挑戦」
2012年5月9日(招待講演, 仙台)

「DRA&DDBJパイプライン」
新学術領域「ゲノム支援」情報解析講習会
2012年3月17日、24日(計算機利用講習, 東京/京都)

「ここはひとつ統合DB的活動を統合する方向で」
統合データベース講演会: AJACS本郷12」
2012年3月16日(飛び入り講演, 東京)

「DDBJのサービス紹介」
NBDC主催統合データベース講習会:AJACS本郷11
2012年3月2日(招待講演, 東京)

「Developing a Next-Gen information system for Next-Gen Sequence data」
NIG colloquium
2012年2月10日(遺伝研交流セミナー, 三島)

「DDBJのNGS対応」
第25回 DDBJing 講習会
2012年1月19日(講習会主催, 三島)

2011年

「日本DNAデータバンク(DDBJ)での新規電算機システムによる
超並列型シーケンサ由来の大規模塩基配列情報解析支援の試み」
第12回 IPABシンポジウム ~超並列スパコンとバイオ計算~
2011年12月9日(招待講演, 東京)

「生物研究の基盤 データベースとしての DDBJ事業: 継承と変革」
第49回 日本癌治療学会学術集会
2011年10月27日(招待講演, 名古屋)

「DDBJ の紹介・データ受付など」
第24回 DDBJing 講習会
2011年6月30日(講習会主催, 東京)

「新型シーケンサーの拓く新しい生物学とDNAデータバンク」
かずさDNA研究所 2011年度公開講座
2011年6月25日(招待講演, 千葉県立中央博物館)

「バイオインフォマティクス」演習
東京工業大学 大学院 生命科学研究科講義
2011年5月19日(講義分担, 横浜)

「新基盤生命学特別演習3」
平成23年度 東京大学 大学院 理学系研究科 GCOE講義
2011年5月9日(夏学期集中講義分担, 東京)

「バイオ情報科学技術特論」
長浜バイオ大学大学院 バイオサイエンス研究科
2011年1月17-18日 (集中講義4コマ分担, 長浜)

「ゲノム情報の使い倒しを支援したい!データベースからの三題噺 ~ DDBJ, DRA pipeline, KazusaAnntation ~」
お茶の水女子大学セミナーシリーズ「バイオインフォマティクスへの招待」
2011年1月13日 (招待講演, 東京)

2010年

「新型シーケンサーから得られるデータをどう解釈し活用するか:統合データベースプロジェクトからの提案」
第33回日本分子生物学会年会 ワークショップ 1W20-p
2010年12月7日(DBCLS坊農氏と共同主催, 神戸)

「DDBJ / INSDC の新型シーケンサデータへのとりくみ 〜 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) と解析支援系 DRA pipeline 〜」
第33回日本分子生物学会年会 ランチョンセミナー
「次世代シーケンサーデータから見えてくる生命像」
2010年12月7日(招待講演, 神戸)

DDBJ Read Annotaion Pipeline: A cloud computing based analytical tool for next-generation sequencing data
Yasukazu Nakamura, Eli Kaminuma, Takako Mochizuki, Yuichi Kodama, Satoshi Saruhashi, Hideki Nagasaki, Hideaki Sugawara, Toshihisa Takagi, Kousaku Okubo
NIAS Symposium RAP7 meeting
October 14, 2010, 13:30-16:30 (Tokyo International Exchange Center) invited

DDBJ Sequence Read Annotation Pipeline—A cloud computing-based analytical tool for next-generation sequencing data
Eli Kaminuma, Takako Mochizuki , Yuichi Kodama , Satoshi Saruhashi , Hideaki Sugawara, 
Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi and Yasukazu Nakamura
The tenth Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on Genome Informatics
September 15-19, 2010 (Hinxton, UK) poster presentation

「DDBJの新型シーケンサへの対応:データアーカイブDRAと解析パイプライン」
ライフサイエンスDB講習会
2010年8月9日(名古屋大学)

「DDBJのNGSデータアーカイブ: DRA (DDBJ Sequence Read Archive)」
ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業講習会(AJACSみちのく)
2010年8月4日 (東北大学医学部・仙台)

「新型シーケンサ・ゲノム・DDBJ」
京都大学大学院生命科学研究科 セミナー
2010年7月12日(京都大学)

「DDBJ の紹介と配列データの検索」「相同性検索と系統解析 BLAST と ClustalW」
AJACS&第22回DDBJing講習会
2010年6月24日(DBCLS・東京)

「分子生物学実験に役立つWebサイトとツールの紹介・配列解析を中心に」
東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻/生物科学専攻 基盤生命学特別演習
2010年5月31日 (夏学期講義・演習分担, 東大情報基盤センター)

「加速する環境ゲノム解読と国際塩基配列データベース」
山梨大学学術研究会・環境研究分科会
2010年5月27日(招待講演, 山梨大学工学部)

2009年

「ウェット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」
第32回日本分子生物学会年会 ワークショップ 2W5 主催
2009年12月10日(パシフィコ横浜)

「KazusaAnnotation Suiteの活用」
ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業講習会(AJACS長津田)
2009年1月23日 (東京工業大学・横浜)

「ゲノムインフォマティクス1」
宮崎大学 大学院農学研究科
2009年10月14-16日 (集中講義, 宮崎)

「getentry, ARSA」「FASTA, BLAST, PSI-BLAST, HMMPFAM」「ClustalW」
第21回DDBJing講習会
2009年6月17-18日 (遺伝研・三島)

「KazusaAnnotation Suiteの活用」
ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業講習会(AJACS長津田)
2009年1月23日 (東京工業大学・横浜)

2008年

「Kazusa genome annotation systems(英語)」
The 5th Rice Annotation Project Meeting, AIST Bio-IT Research Building, Tokyo
November 15th. 2008 aural presentation (invited)

「ゲノムインフォマティクス1」
宮崎大学 大学院農学研究科
2008年11月5, 6, 7日 (集中講義, 宮崎)

「KazusaAnnotation Suiteの活用」
ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業講習会(AJACS近江)
2008年10月31日 (長浜バイオ大学・長浜)

「KazusaAnnotation Suiteの活用」
ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業講習会(AJACS博多)
2008年10月18日 (九州大学・福岡)

「植物ゲノム情報を基盤とした統合データベース」
日本育種学会 2008年秋季大会シンポジウム「植物育種におけるオミックス情報の利用と展望」
2008年10月12日(招待講演, 滋賀県立大学・彦根)

「Past, present and future of genome annotation(英語)」
国立遺伝学研究所 The 1260th Biological Symposium
2008年10月8日(招待講演, 三島)

「ゲノム塩基配列を基盤としたライフサイエンス研究情報統合環境」
明治大学農学部ワークショップ「大規模オミックス・データの利用と展望」
2008年9月8日(招待講演, 明大生田キャンパス・川崎)

「小回りが利いて役に立つゲノム情報データベースの提案」
第26回 日本植物細胞分子生物学会シンポジウム「農作物とモデル植物におけるオミックス情報の利用と展望」
2008年9月2日(招待講演, 阪大吹田キャンパス・大阪)

「ゲノム情報リテラシー入門」
ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業・北海道大学情報科学研究科グローバルCOEプログラム「知の創出を支える次世代IT基盤拠点」共催講習会(AJACS蝦夷)
2008年8月29日 (北大・札幌)

「オーミクス論」
東京大学 理学部生物情報科学学部教育プログラム (UPBSB2)
2008年8月13 (夏学期集中講義分担, 東大柏キャンパス)

「バイオ情報科学技術特論」
長浜バイオ大学大学院 バイオサイエンス研究科
2008年7月28日, 29日 (集中講義4コマ分担, 長浜)

「分子生物学実験に役立つWebサイトとツールの紹介・配列解析を中心に」
東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻/生物科学専攻 新基盤生命学特別演習 I
2008年7月14日 (夏学期講義・演習分担, 東大情報基盤センター・東京)

「ゲノム情報リテラシー入門」
ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業・日本大学生物資源科学部 私立大学高度化推進事業・ハイテクリサーチセンター構想「ゲノム科学的アプローチによる生命共同体の包括的理解と制御法への応用」共催講習会
2008年5月30日 (日大・藤沢)

「バイオインフォマティクス」
東京工業大学大学院 生命理工学研究科
2008年4月24日, 5月15日, 5月22日 (講義分担, 東工大すずかけ台キャンパス・横浜)

「データベースの中に築く生命像 ー生命現象を読み解くためのデータベースとWebリソースー」
第49回日本植物生理学会年会 シンポジウムS1
2008年3月20日(札幌) オーガナイザー

「ゲノム情報リテラシー入門」
ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業・JSBi機能ゲノミクス共催講習会
2008年3月5日 (JST・東京)

「植物ゲノムのアノテーション」
ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業・遺伝学談話会 共同開催講習会
2008年1月25日 (長浜バイオ大・長浜)

「ゲノムインフォマティクス」
宮崎大学 遺伝資源キュレーター育成プログラム講義
2008年1月22日, 23日 (集中講義, 宮崎)

2007年

「ゲノムアノテーション入門」
東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス人材養成プログラム 農学生命情報科学特論II
2007年11月8日 (冬学期集中講義, 東京)

「ウェブデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法 改訂第2版」
羊土社 (2007) 書籍編集・執筆分担

「植物ゲノム情報の現状とその使い倒しのススメ」
京都大学大学院生命科学研究科 セミナー
2007年8月8日 (招待講演, 京都)

「DNAとコンピュータと農学研究と」
信州大学農学部 オープンキャンパス特別講演
2007年8月4日 (招待講演, 伊那)

「オーミクス論」
東京大学 理学部生物情報科学学部教育プログラム (UPBSB2)
2007年7月27日 (夏学期集中講義分担, 柏)

「実験生物学者のためのゲノム情報リテラシー」
首都大学東京 大学院理工学研究科生命科学専攻 遺伝情報特別講義
2007年7月24日, 7月25日 (集中講義, 八王子)

「バイオインフォマティクス」
東京工業大学大学院 生命理工学研究科
2007年4月19日, 4月26日, 7月19日(講義, 横浜)

「オーミクス研究情報の統合基盤としてのゲノムアノテーション」
東京大学21世紀COE公開シンポジウム「言語から読み解くゲノムと生命システム」
2007年4月15日 (招待講演, 大阪)

「ストレスフリーなデータベースにむけて」
日本植物生理学会シンポジウム「植物データベース講習会」
2007年3月28日(招待講演, 松山)

「植物ゲノムのアノテーション」
東京大学「アグリバイオインフォマティクス人材養成プログラム」シンポジウム
2007年3月19日 (招待講演, 東京)

ワークショップ「ゲノムアノテーションとWebサービス」
2007年2月1日-2日 (かずさ) 主催
「構造ゲノムアノテーションのパイプライン化の実際」 2007年2月1日 (講演, かずさ)

宮崎大学農学部 遺伝資源キュレーター育成プログラム講義
2007年1月25日 (講義補助, 宮崎)

「植物の比較ゲノム解析」佐藤修正、中村保一、田畑哲之 実験医学, 25, 259-265. (2007) 和文総説

2006年

「ゲノム情報科学」
名古屋大学大学院 生命農学研究科集中講義
(12/26-27 名古屋)

東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
情報生命科学特別講義II (12/12 DNA研)

「生物学研究基盤としてのゲノムアノテーション」
分子生物フォーラム 3p3I プロジェクト型研究時代の生命科学の課題
(12/8 名古屋) 招待講演

東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻/生物科学専攻冬学期「基盤生命学特別演習4」
講義・演習分担 (12/4 東大本郷)

「かずさDNA研究所における生命情報データベースの取り組み」
日本バイオインフォマティクス学会・オントロジー/オープンバイオ共同研究会
(10/31 東大医科研) 招待講演

「TAIR」(連載: 使ってみよう! バイオデータベース) 中村保一 細胞工学, 25, 1206-1212. (2006) 和文総説

Genome annotation of a model legume Lotus japonicus Status 2006. Joint Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust Conference on Genome Informatics (August 8-12, Hinxton, UK) poster presentation

宮城教育大学「特設科学・情報論B」集中講義 (8/21-25 仙台)

「オーミクス論」
東京大学 理学部生物情報科学学部教育プログラム (UPBSB2)
夏学期集中講義分担 (8/18 東大浅野)

「マメ科モデル植物ミヤコグサのゲノム構造解析とリソース整備」
佐藤修正、中村保一、田畑哲之 蛋白質核酸酵素, 51, 1051-1057 (2006)

「オミクス時代に向けたゲノム基盤情報研究」
東京大学大学院新領域創成科学研究科 21世紀COEプログラム「言語から読み解くゲノムと生命システム」公開シンポジウム
(5/8 東大弥生) 講演

「バイオインフォマティクス」
東京工業大学大学院 生命理工学研究科 前期講義分担
(4/27, 5/11, 7/13 横浜)

総合研究大学院大学大学院 先導科学研究科 生命体科学専攻 数理生命体科学特別講義
(1/12 葉山)

2005年

「バイオインフォマティクス:ゲノム配列から機能解析へ (第2版)」 岡崎康司/坊農秀雅 監訳 メディカルサイエンスインターナショナル (2005) 第9章「遺伝子予測と遺伝子調節」翻訳

ワークショップ「Toward Large-Scale Genome Analysis of Plant Model Organisms」第28回日本分子生物学会年会 (12/9 福岡) 世話人

総合研究大学院大学大学院 先導科学研究科 生命体科学専攻 数理生命体科学特別講義 (11/17, 12/22 葉山)

東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 情報生命科学特別講義 (10/18 DNA研)

「ゲノム情報利用ワークショップ 2005」企画・主催 (10/11-12 かずさアーク)

「コンピュータでゲノムの遺伝情報を読み解く」信州大学農学部創立60周年記念「食と緑」の講演会 (9/17 伊那) 講演

「配列情報解析チュートリアル」生化学若い研究者の会・夏の学校 (8/19-21 京都) 講習

「コンピュータによる情報処理で遺伝子をさがしあてる」文部科学省SPP事業 (5/24 かずさ) 講演

東京大学 理学部生物情報科学学部教育特別プログラム (UPBSB)・非常勤講師 「ゲノムアノテーション」 2005 年度夏学期講義分担 (5/19, 5/26, 6/2, 6/9, 6/16 東大浅野)

東京工業大学大学院 生命理工学研究科・非常勤講師 「バイオインフォマティクス」 2005 年度前期講義分担 (4/28, 5/12, 7/21 横浜)

Genome annotation system in a large scale genome analysis of a model legume, Lotus japonicus. Bioinformatics seminar at Center for Bioinformatics, The Royal Veterinary and Agricultural University (KVL), Copenhagen, Denmark (April, 21st. 2005) aural presentation (invited)

Current status of a large scale genome analysis of a model legume, Lotus japonicus. 日本植物生理学会 2005 年度年会 (3/24-26 新潟) ポスター発表

「ゲノム情報解析ツール」「その他の植物のデータベース」304-308, 318-320 島本功、岡田清孝、田畑哲之監修 「細胞工学別冊 植物細胞工学シリーズ 21 改訂3版 モデル植物の実験プロトコール」 秀潤社 和文総説

2004年

Genome project of a model legume Lotus japonicus; yet another genome for comparative genomics among plant species. The First Rice Annotation Project Meeting (12/17, 2004 Tsukuba) aural presentation (invited)

「Macをバイオ研究にどう使うか」 バイオ研究に活用するアップルソリューションセミナー (12/9 神戸) 招待講演

「ミヤコグサ Lotus japonicus ゲノムの大規模構造解析の進捗」 第27回日本分子生物学会年会 (12/8 神戸) ポスター発表

「配列情報解析に役立つMacOSX活用テクニック」 日本大学生物資源科学部付属総合研究所 テクニカルワークショップ (10/8 藤沢) 招待講演

東京大学理学部生物情報科学学部教育特別プログラム (UPBSB)・非常勤講師 「ゲノムアノテーション」 2004 年度夏学期講義分担 (5/20, 5/27, 6/23 6/10, 6/24)

「転写産物構造解析システム (EST解析システム)」 浅水恵理香、中村保一 蛋白質 核酸 酵素 49, 1847-1850. 2004年 臨時増刊号 「バイオ高性能機器・新技術利用マニュアル」 小原收、谷口寿章、市川哲生、猪飼篤編 和文総説

東京工業大学大学院 生命理工学研究科・非常勤講師 「バイオインフォマティクス」 2004 年度前期講義分担 (4/22, 5/6, 5/13)

Current status of a large scale genome analysis of a model legume, Lotus japonicus. 日本植物生理学会 2004 年度年会 (3/27 東京) 口頭発表 (一般)

「塩基配列をどう料理するか〜大量高速配列解析のバイオインフォマティクス」 日本大学生物資源科学部付属総合研究所 テクニカルワークショップ (2/27 藤沢) 招待講演

2003年

「ミヤコグサ Lotus japonicus ゲノムの大規模構造解析の進捗」 第26回日本分子生物学会年会 (12/11 神戸) ポスター発表

infobiologist/bioinformatics-jp交流会 (12/12 神戸)

「バイオ研究が10倍はかどるMacOSX活用マニュアル セットアップから超簡単データ解析まで」中村保一,礒合 敦,荻島創一/著 羊土社 (2003) 書籍編集・執筆分担

東京大学大学院新領域創成科学研究科2003年度情報生命科学演習 (11/12 一コマ担当)

東京大学教養学部基礎科学科・非常勤講師 「基礎科学特別講義XIX、生命・認知科学特論X: 配列解析のバイオインフォマティクス」 2003 年度冬学期集中講義 (11/10, 17, 12/1, 8, 22)

「これからのゲノム塩基配列決定の情報処理を考える」産総研生命情報科学人材養成コース生命情報科学特別講義 (10/30, 東京) 口頭発表(招待)

東北大学大学院生命科学研究科・非常勤講師 「配列解析のゲノム情報学」 2003 年度前期集中講義 (10/16-17)

「ゲノム配列のアノテーションのしくみとツール」「MacOS X を用いた遺伝子解析サーバのセットアップ」
日本光合成研究会ワークショップ「光合成研究者にもわかる・役立つバイオインフォマティクス」
(9/19-20, さいたま) 口頭発表・デモンストレーション(招待)

「ゲノム配列情報を活用するために」2003年イネ分子遺伝学ワークショップ (7/11, 福岡) 口頭発表(招待)

東京大学理学部生物情報科学学部教育特別プログラム (UPBSB)・非常勤講師 「ゲノム実験学 (ゲノムアノテーション)」 2003 年度夏学期講義分担 (5/15, 5/22, 5/29, 6/5, 6/12)

東京工業大学生命理工学部・非常勤講師 「バイオインフォマティクス」 2003 年度前期講義分担 (4/24, 5/1, 5/8)

CyanoBase and RhizoBase: enhancements and current status 2003 日本植物生理学会 2003 年度年会 (3/29, 2003 奈良) 口頭発表(一般)

「ラン藻・根粒菌の GO 注釈」 文部科学省科学研究費補助金・特定領域研究「統合ゲノム」主催 第5回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」 (3/1, 2003 かずさ) ポスター発表(一般)

「これからの塩基配列決定プロジェクトに於ける情報処理を考える」 京都大学大学院生命科学研究科細胞全能性統御学講座 (2/17, 2003 京都) セミナー(招待)

生物学者による情報処理技術研究会・第二回研究集会 (1/28, 2003 三島) 企画・主催

2002年

A Legume Lotus japonicus Genome Annotation. The 13th International Conference on Genome Informatics (GIW2002) (December 16-18, 2002 Tokyo) poster presentation

「ウェブデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法」 羊土社 (2002) 書籍編集・執筆分担

「シロイヌナズナのゲノム解析情報の現在」 第25回日本分子生物学会年会・シンポジウム 「モデル植物シロイヌナズナ −過去四半世紀の研究成果の総括とポストゲノム時代への展望−」 (12/12, 2002 横浜) 口頭発表(招待)

「システム、技術、annotation、データベース作製」 特定領域研究「植物の軸と情報」ワークショップ 「バイオインフォマティクスと比較ゲノム」(10/24, 2002 奈良) 口頭発表(招待)

「アノテーション(1) 遺伝子構造予測」 横浜バイオテクノロジー懇談会 平成14年度第1回リカレント講座・横浜市立大学リカレント講座 「バイオインフォマティクス その概要と実際」 (10/23, 2002 横浜) 口頭発表(招待)

「モデルマメ科植物: ミヤコグサ」 川口正代司・原田久也・河内 宏・中村保一・田畑哲之 蛋白質 核酸 酵素 47, 1482-1487. 2002 年 9 月号増刊号 「植物の形づくり 遺伝子から見た分子メカニズム」 岡田清孝・町田泰則・島本 功・福田裕穂・中村研三 編 和文総説

A Legume Lotus japonicus Genome Annotation. 2nd Joint Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust Conference on Genome Informatics (September 4-8, 2002 Hinxton, UK) poster presentation

生物学者による情報処理技術研究会・第一回交流会 (7/16, 2002 かずさ) 企画・主催

「バイオインフォマティクス:ゲノム配列から機能解析へ」 岡崎康司/坊農秀雅 監訳 メディカルサイエンスインターナショナル (2002) 第8章「遺伝子予測」翻訳

東京工業大学生命理工学部・非常勤講師 「バイオインフォマティクス」2002 年度前期講義分担

A Large Scale Genome Analysis of Lotus japonicus III. Annotation pipeline and WWW database. 日本植物生理学会 2002 年度年会 (3/28-30, 2002 岡山) 口頭発表(一般)

The Multinational Arabidopsis Steering Committee (2002-) A member of Bioinfomatics subcommittee

2001年

ゲノム情報解析技術チュートリアル (12/25-26, 2001 かずさ) 企画・主催

Annotation and presentation systems for Arabidopsis genome sequencing project at Kazusa DNA Research Institute. The 12th International Conference on Genome Informatics (GIW2001) (December 18-19, 2001 Tokyo) poster presentation

A Large Scale Genome Analysis of Lotus japonicus II. Annotation pipeline and WWW database. 第24回日本分子生物学会年会 (12/9-12, 2001 横浜) ポスター発表

「リソースの活用 −データベースと配列解析ツール−」ミヤコグサ分子遺伝学ワークショップ (11/26-27, 2001 かずさ) 口頭発表(招待)

Annotation Piplines at Kazusa DNA Reserach Institute. 1st Joint Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust Conference on Genome Informatics (August 8-12, 2001 Hinxton, UK) poster presentation

「生物学者が計算機システムを一から立ち上げる -データベースの構築や利用-」第19回日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム「すぐに役立つバイオインフォマティクス」(7/30, 2001 東京農大) 口頭発表(招待)

「光独立栄養生物と関連生物のゲノム塩基配列の高速遺伝情報解析の現場から」日本植物生理学会 2001 年年会シンポジウム「ハイパーゲノミクス」(3/26, 2001 福岡) 口頭発表(招待)

「ミヤコグサ根粒菌 Mesorhizobium loti のゲノム塩基配列解析」日本植物生理学会 2001 年年会 (3/24-26, 2001 福岡) ポスター発表(一般)

Large Sequence Analyses in the Arabidopsis thaliana Genome Sequencing Project 国際シンポジウム「21世紀の総合ゲノム科学」(3/14-17, 2001 葉山) ポスター発表(一般)

「シロイヌナズナゲノムのアノテーション」JST/BIRD ゲノムリテラシー講座 (3/10, 2001 東大 HGC) 口頭発表(招待)

理化学研究所バイオリソースセンター・情報検討委員 (2001-)

2000

Large-scale Sequence Analyses in the Arabidopsis thaliana Genome Sequencing Project. Status 2000. The 11th International Conference on Genome Informatics (GIW2000) (December 18-19, 2000 Tokyo) poster presentation

「シロイヌナズナゲノムプロジェクト X. ゲノム塩基配列構造解析状況と情報公開データベース KAOS」 第23回日本分子生物学会年会 (12/13-16, 2000 神戸) ポスター発表(一般)

「シロイヌナズナゲノム塩基配列の注釈と機能予測」 シロイヌナズナワークショップ (11/13-14, 2000 岡崎) ポスター発表(一般)

「ラン藻ゲノム情報データベース CyanoBase の再編成」ラン藻情報解析ワークショップ (11/6, 2000 かずさ) 口頭発表(招待)

「ゲノムプロジェクトとコドン使用頻度解析」(6/8, 2000 旭硝子中央研究所; 横浜) セミナー(招待)

Gene Discovery and Presentation Systems for Arabidopsis Genome Sequencing Project at Kazusa DNA Research Institute. RECOMB 2000 (April 8-11, 2000 Tokyo) poster presentation

「シロイヌナズナゲノムプロジェクト: ゲノム塩基配列決定と全塩基配列再注釈の進行状況」日本植物生理学会 2000 年度年会 (3/27-29, 2000 名古屋) 口頭発表(一般)

「EST 配列情報とその活用法」クラミドモナスワークショップ (3/10, 2000 かずさ) 口頭発表

「ゲノムアノテーションと情報提供についての技法・情報収集方法」(2/18, 2000 東北大加齢研; 仙台) セミナー(招待)

Gene Discovery and Presentation Systems for Arabidopsis Genome Sequencing Project at Kazusa DNA Research Institute. Rice Genome Workshop 2000 (2/9, 2000 Tsukuba) aural presentaion (invited)

1999

第1回ゲノム情報利用ワークショップ−実験生物学者のためのゲノム情報利用相談室− (12/21-22, かずさ) 回答者

Annotation and Presentation Systems for Arabidopsis Genome Sequencing Project at Kazusa DNA Research Institute. Genome Informatics Workshop 1999 (December, 1999 Tokyo) poster presentation

「シロイヌナズナゲノムプロジェクト IX. ゲノム塩基配列解析の進行状況」第22回日本分子生物学会年会 (12/7-10, 1999 福岡) ポスター発表(一般)

The 10th International Conference on Arabidopsis Research “Genomic sequence analysis and display systems at Kazusa, its status in 1999” Yasukazu Nakamura and Satoshi Tabata (July 4-8, Melubourne, Australia) poster presentaion

「(演題忘却)」製品評価技術センター (東京) 口頭発表(招待)

Arabidopsis thalianaゲノムプロジェクト遺伝子コンピュータ解析の現場から」(6月, 信州大農学部; 伊那) 講義(招待)

「シロイヌナズナゲノム解析情報閲覧システム Arabidopsis Genome Displayer の開発」日本植物生理学会 1999 年度年会 (3/28-30, 仙台) 口頭発表(一般)

「シロイヌナズナゲノム塩基配列の解析/情報提供システムの構築 — 大量塩基配列決定プロジェクトにおける情報処理の実際 —」bITセミナー (2/19, 三島) セミナー(招待)

「かずさDNA研における Arabidopsis thaliana ゲノムプロジェクトの塩基配列解析自動化の実際」農林交流センターセミナー「遺伝子検索の自動化のためのワークショップ」(1/26, つくば) 口頭発表(招待)

1998

Annotation and presentation systems for Arabidopsis genome sequencing project at Kazusa DNA Research Institute. in Genome Informatics 1998 (Miyano, S. and Takagi, T. eds, Universal Academy press, Tokyo) pp. 361-362. poster presentation

「シロイヌナズナゲノムプロジェクト VIII. 包括的塩基配列解析情報閲覧システムの開発」第21回日本分子生物学会年会 (12月, 1998 横浜) ポスター発表(一般)

「ゲノム塩基配列の注釈とその校正」シロイヌナズナワークショップ (11月, 1998 奈良) ポスター発表(一般)

1997

「シロイヌナズナゲノムプロジェクト IV. データ解析ならびに公開システムの開発」第20回日本分子生物学会年会 (12月 1997, 京都) ポスター発表(一般)

シロイヌナズナデータベース講習会 (1997 かずさ) 講師

Annotation systems of the Kazusa Arabidopsis Genome Sequencing Project. The 1st International Conference on Computational Genomics (November, 1997 Washington DC, USA) poster presentation

シロイヌナズナのゲノム解析プロジェクト II. ゲノム情報解析と解析データ公開システムの開発 日本植物生理学会 1997 年度年会 (3/27-29, 1997 京都) 口頭発表(一般)

「Codon Usage データベースの構築と公開」第7回日本コンピュ−タサイエンス学会春季学術集会「研究をささえるデータベース」(3/21, 1997 つくば) 口頭発表(招待)

1996

Cyanobase: The Genome Database for Synechocystis sp. strain PCC6803. in Genome Informatics 1996 (Proc. Seventh Workshop on Genome Informatics) pp. 214-215. poster presentation

「ラン藻 (Synechocystis sp. PCC 6803 ゲノムの構造解析 VII. プラスチドゲノムとの構造比較」第69回日本生化学会・第19回日本分子生物学会合同年会(8月 1996, 札幌) ポスター発表(一般)

「ラン藻ゲノムの全構造がもたらすもの」金子貴一、中村保一、田畑哲之 化学と生物 34, 786-792. (1996) 和文総説

1995

Fop (frequency of optimal codon usage): WWW service with its distribution analysis. in Proc. Genome Informatics Workshop 1995 pp. 166-167. poster presentation

「GC% の巨大区分構造が語るもの − ゲノム進化の視点から」 深川竜郎、中村保一、池村淑道 実験医学 13, 1365-1370. (1995) 和文総説

1994

Estimation of protein-production levels for ORFs found by E. coli and yeast genome projects, basing on levels of “optimal codon” usage, in connection with feasibility of their protein coding ability and with assignment to foreign-type genes. in Proc. Genome Informatics Workshop 1994 pp. 188-189. poster presentation

「DNA と染色体バンドレベルの進化の総合的理解」 深川竜郎、菅谷公彦、中村保一、池村淑道 「エボルーション」蛋白質 核酸 酵素 別冊 39, 2490-2501. (1994) 和文総説


学会発表は単名もしくは代表発表者のものだけです。 遺伝研と京大で学生やってた頃の記録はかなりヌケてます。