猿橋智

博士研究員(2011年4月1日-)

1. 開発中のPipeline Workflow

植物のバーコード配列matK, rbcL 遺伝子を用いて系統樹を推定

葉緑体ゲノム配列を用いて系統樹推定

2. サンプルファイル

Sample_oryza_sativa.fasta

NGSデータから作成した日本米5株のデータと比較のためのインディカ米(NC_008155)一株を加えた葉緑体ゲノム配列データセット

SRA から利用可能な日本米5株のNGS データ
Species  cultivar SRA Accession Sample Accession
Oryza sativa japonica group  Koshihikari  DRA000010 DRS000010
Oryza sativa japonica group  NK58  ERA009071 ERS011149
Oryza sativa japonica group  Kitaake SRA028946 SRS151699
Oryza sativa japonica group  Omachi  DRA000307 DRS000412
Oryza sativa japonica group  Nipponbare  SRA026538  SRS140317

3. 結果ファイル

サンプルセットの葉緑体ゲノム配列の系統樹