博士研究員(2011年4月1日-)
1. 開発中のPipeline Workflow
植物のバーコード配列matK, rbcL 遺伝子を用いて系統樹を推定
葉緑体ゲノム配列を用いて系統樹推定
2. サンプルファイル
NGSデータから作成した日本米5株のデータと比較のためのインディカ米(NC_008155)一株を加えた葉緑体ゲノム配列データセット
Species | cultivar | SRA Accession | Sample Accession |
Oryza sativa japonica group | Koshihikari | DRA000010 | DRS000010 |
Oryza sativa japonica group | NK58 | ERA009071 | ERS011149 |
Oryza sativa japonica group | Kitaake | SRA028946 | SRS151699 |
Oryza sativa japonica group | Omachi | DRA000307 | DRS000412 |
Oryza sativa japonica group | Nipponbare | SRA026538 | SRS140317 |
3. 結果ファイル
サンプルセットの葉緑体ゲノム配列の系統樹