主に大量研に関係する新型シークエンサ情報を紹介致します。
目次
- 新型シーケンサ情報
- 新型シークエンサのファイル形式
- NGSデータベース・ツール
- De novo assemblyツールのベンチマーク情報
- 支援プロジェクト
- 受託解析会社
- 情報収集サイト
- 国際会議、他
＜新型シークエンサの情報＞
＜新型シークエンサ配列のファイル形式＞
＜NGSデータベース・ツール＞
De novo assemblyツールのベンチマーク情報
- Zhang et al.,PLos One, 6:e17915, 2011
Edena, Velvet, SOAPdenovo, Taipen比較
＜支援プロジェクト＞
科研費新学術領域研究「ゲノム支援」では、新型シークエンサのシークエンシングやデータ解析の支援対象研究課題を毎年公募しています。平成23年も年度前半に新規課題が公募されます。
| 公募区分 | STATUS | 課題数/応募数 | 課題一覧 |
| 2010年度 | 公募終了 | 71/167 | LINK |
| 2011年度 | 公募終了 | — | 第1回,第2回 |
| 2012年度 | — | — | — |
| 2013年度 | — | — | — |
| 2014年度 | — | — | — |
＜受託解析会社＞
大量研で開発中のDDBJ Pipelineは、御自身で大量配列解析を進める為のNGS解析支援ツールです。手厚いサポートを御希望の方は、下記の新型シークエンサの受託解析会社へ御相談下さい。
| 受託会社/組織 | DNAシーケンシング受託 | サンプル調整受託 | データ解析受託 |
| タカラバイオ | x | x | x |
| 北海道システム・サイエンス | x | x | x |
| 理研ジェネシス | x | x |
＜講習会＞
DDBJing in 長浜 2011.1
- DDBJ の紹介と大量配列のためのクラウド型計算機資源利用法
- 次世代シークエンサ(NGS)概論とクラウド型解析ツール DDBJ Pipeline
- NGS 登録データベース DDBJ Sequence Read Archive
- NGS クラウド型解析ツール DDBJ Pipeline 実習
＜情報収集サイト＞
- ライフサイエンスQA＜NGSタグ付項目＞ (日本語)
- 次世代シークエンサ現場の会（日本語）
- twitter ngsfield (日本語)
- SEQanswers
＜新型シークエンサの検索結果＞
＜国際会議、他＞
Next Generation Sequencing (NGS) Congress Asia
3rd – 4th October 2011, Singapore
http://www.nextgenerationsequencing-congress.com/page.asp?cpid=694