DDBJ Annotators

DDBJにおけるアノテーター(Annotator)の仕事を紹介致します。

担当登録部門 アノテーター
統括 真島
SAKURA (塩基配列登録) 小菅、筒井、五條堀、江嶋
MSS( 大量登録) 野崎、大城戸、李
Short Read Archive / Trace Archive 児玉、猿橋
更新 青野、坂井
文献 横山、杉田

○全体統括

チーフアノテータ

名前 タイトル 業務内容
真島淳 Senior Annotator ・チーフ アノテータ; DDBJ アノテータの頭
Chief annotator; A leader of DDBJ annotators
・国際実務者会議への参加;
Participate in International Nucleotide Sequence Database Collaborative Meeting
・配列データ登録のフロー管理
Flow management of sequence data submission
<紹介文>
生物学的考証のために居るはずなのですが、編集システム要件定義、翻訳、たまにHP編集とか、もします。「何でも屋」です。

○SAKURA(塩基配列登録)

名前 タイトル 業務内容
小菅武英 Senior Annotator ・SAKURAから入力されてきたデータの査定
・TPAエントリの査定、WGS, MGA公開時のチェック
・構築局内部のホームページ管理・サーバー管理
<紹介文>
・たまに大量登録の手伝いやアノテーションの相談なども行っています。
スクリプトによる登録ファイルの変換も請け負っています。
五條堀まり子 Senior Annotator ○SAKURAからの新規登録の査定
・登録方法などに関する問い合わせに対する回答
・内部用アノテーションガイドラインの作成
<紹介文>
内部用アノテーションガイドラインは当初新人アノテータの研修時に誤りやすい項目を書き加える形で作成されました。
各アノテータが同質の査定ができることを目指しています。
筒井波留 Senior Annotator *SAKURA・Sequinからの新規登録データの査定作業。
Annotating DDBJ entries by SAKURA/(Sequin).
・登録・更新に関する、DDBJ内部作業規範作成・整理。
Making and managing the DDBJ work manual.
<紹介文>
INSDCのFT-DocとDDBJ独自の規範等に沿い、SAKURA / (Sequin)での登録データを査定・公開しています。
また内部作業規範を作成・管理しています。
江嶋真由美 Junior Annotator ・公開予定日到来データの公開作業
・SAKURAからのデータ登録作業
<紹介文>
ジュニアアノテーター
ミススペルなどの不適正データを訂正するために一日中パソコンで格闘中。
登録者の皆様、データは正しく入力してね、お願い。

○MSS(大量登録)

名前 タイトル 業務内容
大城戸 利久 Senior Annotator ・登録データ査定
主に大規模データの登録作業。
・学会、外部プロジェクトへの参加・協力
<紹介文>
ウェット系実験の経験を生かして、登録配列内の生物学的特徴を可能な限り的確に記述することを心掛けています。
李 慶範 Senior Annotator DDBJ Annotator
DDBJ 関連会議、DDBJ 広報活動などの対外活動に参加しています。
DDBJ 登録システムにおいて、大量登録システム (MSS) 担当の一人として大量登録データを査定する作業を行っています。
<紹介文>
担当する大量登録では下記の様なデータを取り扱っています。
・エントリ数(登録する配列の数)が多い
・1エントリあたり多数のFeatureがある
・配列が長大
・SAKURAが対応していない登録,例えば,WGS、MGAなど
尚、個人的にバクテリアの分類、生物共生、進化に興味を持っています。
野崎 亜沙美 Senior Annotator ・アノテーター; 大量登録担当
・大量登録データの登録受付・査定・問い合わせ対応
・大量登録システムユーザー向け資料の作成・改訂
<紹介文>
大量登録システム(MSS)経由で送付されたデータの査定、アクセッション番号発行までの作業を担当しています。

○Short Read Archive/ Trace Archive

名前 タイトル 業務内容
児玉悠一 Senior Annotator ・DDBJ Read Archive アノテータ ~次世代シークエンサからの出力データ~
・DDBJ Trace Archive アノテータ ~キャピラリシークエンサからの出力データ~
・CIBEX アノテータ ~マイクロアレイ、定量データ~・Annotator of the DDBJ Read Archive – for the data from “next-generation” sequencer –
・Annotator of the DDBJ Trace Archive – for the data from capillary sequencer –
・Annotator of the CIBEX – for microarray data and data measuring molecular abundance –
<紹介文>
「その他」担当。これからは急拡大!?
+宴会部長・お茶係補佐(夏限定)やってます。
I work for something “others”. However, “others” are going to expand quickly!?
+ Party organizer and tea maker assistant (summer only).
猿橋智 Senior Annotator ・DRA アノテータ; DDBJ Read Archive アノテータ
DRA annotator ; DDBJ Read Archive annotator
・DRAデータの査定;
Consulting of next-generation sequencing data and metadata
・DRAの立ち上げ;
Preparations of DDBJ Read Archive
<紹介文>
DRAのアノテータをしております、新人の猿橋です。
立ち上がってまもないDRAを支えられるよう頑張ります。

○更新

名前 タイトル 業務内容
青野英雄 Senior Annotator <仕事内容>
・登録者からの更新依頼に基づく登録データの更新作業
Data update for submitter’s request.
・国際実務者会議の決定事項に基づく既登録データの修正作業
Data update based on decision of International Nucleotide
Sequence Database Collaborative Meeting.
<紹介文>
更新作業全般を担当しています。DDBJの全データを対象に、
アノテーション情報、登録者情報、論文情報、その他の修正作業を実施しています。
DDBJのデータを綺麗に美しくする仕事をしてます。
坂井勝呂 Senior Annotator ・シニア アノテータ; senior annotator
・登録データの修正・更新; Data Updates/Correction (after issuing accession numbers)
<紹介文>
アクセッション番号発行後の登録情報(主に塩基配列とそれに付随する生物学的な情報(例えば、遺伝子名、配列の由来生物名))の修正・更新作業を担 当しています。

○文献

名前 タイトル 業務内容
横山会美 Junior Annotator ・REFERENCE情報の修正・更新
・Hold-dateの延期
・Sequin登録受付
<紹介文>
皆様からのご依頼随時受け付けております。お気軽にご連絡ください!
杉田里江 Junior Annotator ・REFERENCE情報の修正、更新
・Hold-dateの更新
・Contact情報の修正、更新
<紹介文>
皆様からの更新のご依頼、心よりお待ちしてます☆
特に公開予定日変更のご連絡は、お早めにー

○web公開

名前 タイトル 業務内容
三村公子 Junior Annotator ・構造アノテーションデータベースのアノテーション表現の検討
・構造アノテーションデータベース自動分類の誤りのチェック
<紹介文>
現在は、タンパク質立体構造を利用した構造アノテーションデータベースの作成作業に関わっています。